Graficamente

Um jeito informal e intuitivo de avaliar a relação é verificar se existe relação linear entre as variáveis, além de identificar se esta relação é positiva, negativa ou inexistente.

## `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'

Normalidade

A suposição de normalidade é amplamente utilizada na estatística.

### Verificando a Normalidade Através do Histograma

# Criando um painel com o espaço de 4 gráficos
par(mfrow=c(2,2))

#preenchendo os quatro espaços com 4 histogramas (um para cada variável)
histogram=function(x){
  hist(x,prob=T)
  lines(density(x),col="red")
  curve(dnorm(x,mean(x), sd(x)),add=T,col="blue")
}
histogram(dados$GASTEDU)
histogram(dados$GASAUDE)
histogram(dados$GASLAZER)
histogram(dados$IDADE)

par(mfrow=c(2,2))
### Verificando a Normalidade Através do QQplot
qq = function(x){
  qqnorm(x,main = "", xlab = "Quantis teóricos N(0,1)", pch = 20)
qqline(x, lty = 1, col = "red")
}

qq(dados$IDADE)
qq(dados$GASAUDE)
qq(dados$GASLAZER)
qq(dados$GASTEDU)

#Envelope
envelope<-function(x){
  n <- length(x)
  nsim <- 100 # Número de simulações
  conf <- 0.95 # Coef. de confiança
  # Dados simulados ~ normal
  dadossim <- matrix(rnorm(n*nsim, mean = mean(x), sd = sd(x)), nrow = n)
  dadossim <- apply(dadossim,2,sort)
  # Limites da banda e média
  infsup<-apply(dadossim,1,quantile, probs = c((1 - conf) / 2,(1 + conf) / 2))
  xbsim <- rowMeans(dadossim)
  faixay <- range(x, dadossim)
  qq0 <- qqnorm(x, main = "", xlab = "Quantis teóricos N(0,1)", pch = 20, ylim = faixay)
  eixox <- sort(qq0$x)
  lines(eixox, xbsim)
  lines(eixox, infsup[1,], col = "red")
  lines(eixox, infsup[2,], col = "red")
}

par(mfrow=c(2,2))
envelope(dados$GASTEDU)
envelope(dados$GASAUDE)
envelope(dados$GASLAZER)
envelope(dados$IDADE)

normalidade<-function(x){
t1 <- ks.test(x, "pnorm",mean(x), sd(x)) # KS  
t2 <- lillie.test(x) # Lilliefors
t3 <- cvm.test(x) # Cramér-von Mises
t4 <- shapiro.test(x) # Shapiro-Wilk 
t5 <- sf.test(x) # Shapiro-Francia
t6 <- ad.test(x) # Anderson-Darling
t7<-pearson.test(x) # Pearson Test of Normality

testes <- c(t1$method, t2$method, t3$method, t4$method, t5$method,t6$method,t7$method)
valorp <- c(t1$p.value, t2$p.value, t3$p.value, t4$p.value, t5$p.value,t6$p.value,t7$p.value)

resultados <- cbind(valorp)
rownames(resultados) <- testes
print(resultados, digits = 4)

}

normalidade(dados$GASAUDE)

##                                                valorp
## One-sample Kolmogorov-Smirnov test             0.9238
## Lilliefors (Kolmogorov-Smirnov) normality test 0.6494
## Cramer-von Mises normality test                0.6605
## Shapiro-Wilk normality test                    0.6297
## Shapiro-Francia normality test                 0.6286
## Anderson-Darling normality test                0.6346
## Pearson chi-square normality test              0.3249

Dados normais + Relação linear

Quando os dados são normais e a relação entre variáveis é linear, podemos utilizar os mesmos testes já comentados:

• Pearson
• Spearman (amostras maiores)
• Kendall (amostras pequenas)

#Matriz de correlações:
cor(dados$GASTEDU,dados$GASAUDE)

## [1] 0.77825

#Teste de correlação:
cor.test(dados$GASTEDU,dados$GASAUDE,method = "pearson")

Dados não normais e/ou sem relação linear

Quando os dados não se apresentam conforme a distribuição normal ou não apresentam relação linear, temos disponíveis o cálculo das seguintes correlações:

• Spearman (amostras maiores)
• kendall (amostras pequenas)

#Teste de correlação:
cor.test(dados$GASTEDU,dados$GASAUDE,method = "spearman")

#Teste de correlação:
cor.test(dados2$IDADE,dados2$GASAUDE,method = "kendall")

Qui-quadrado de independencia

\[ H_0: \text{São independentes (Não associadas)} \\ H_1: \text{Não são independentes (São associadas) } \]

Executando o teste:

chisq.test(dados$PROFI, dados$ESTCIVIL)

## 
##  Pearson's Chi-squared test
## 
## data:  dados$PROFI and dados$ESTCIVIL
## X-squared = 2.2905, df = 3, p-value = 0.5143

OBS: Correção de YAKES quando existe alguma frequência esperada menor do que 5, veja:

Teste exato de fisher

O teste qui-quadrado quando aplicado a amostras pequenas, como por exemplo com tamanho inferior a 20, veja:

fisher.test(dados2$PROFI, dados2$ESTCIVIL)

## 
##  Fisher's Exact Test for Count Data
## 
## data:  dados2$PROFI and dados2$ESTCIVIL
## p-value = 0.5226
## alternative hypothesis: two.sided

Medidas de associação

os testes fornecem apenas a resposta se as variáveis estão ou não correlacionadas. Para saber a intensidade desta relação, utilizam-se medidas de associação.

Considere as seguintes medidas:

• \(\mathbf{\phi}\) (phi) (é o R de pearson quando aplicado a tabelas 2x2)
• V de Crámer
• Coeficiente de contingência

Ambos variam de 0 (ausência de associação) a 1 (associação muito forte).

#Comando para tabela cruzada:
tab <- xtabs(~ PROFI + ESTCIVIL, data = dados)

#Calcular as medidas de associação da tabela:
summary(assocstats(tab))

## 
## Call: xtabs(formula = ~PROFI + ESTCIVIL, data = dados)
## Number of cases in table: 120 
## Number of factors: 2 
## Test for independence of all factors:
##  Chisq = 2.2905, df = 3, p-value = 0.5143
##  Chi-squared approximation may be incorrect
##                     X^2 df P(> X^2)
## Likelihood Ratio 2.6823  3  0.44324
## Pearson          2.2905  3  0.51435
## 
## Phi-Coefficient   : NA 
## Contingency Coeff.: 0.137 
## Cramer's V        : 0.138

#phi  (r aplicado na Tabela de 2x2 --> Phi)
cor(dados$PROFI,dados$ESTCIVIL)  

## [1] -0.06972599

Kappa

É uma medida de concordância.

Obs: Também pode ser utilizado o coeficiente de Kappa ponderado (pesquisar)

#Kappa
medico1<-sample(0:1,10, replace=T)
medico2<-sample(0:1,10, replace=T)

#Kappa.test(x, y=NULL, conf.level=0.95)

fmsb::Kappa.test(medico1,medico2)

## $Result
## 
##  Estimate Cohen's kappa statistics and test the null hypothesis that
##  the extent of agreement is same as random (kappa=0)
## 
## data:  medico1 and medico2
## Z = -1.2649, p-value = 0.897
## 95 percent confidence interval:
##  -0.9680515  0.1680515
## sample estimates:
## [1] -0.4
## 
## 
## $Judgement
## [1] "No agreement"

Qui-quadrado de independencia

\[ H_0: \text{São independentes (Não associadas)} \\ H_1: \text{Não são independentes (São associadas) } \]

Executando o teste:

chisq.test(dados$PROFI, dados$RENDA)

## 
##  Pearson's Chi-squared test
## 
## data:  dados$PROFI and dados$RENDA
## X-squared = 9.8864, df = 3, p-value = 0.01956

OBS: Correção de YAKES quando existe alguma frequência esperada menor do que 5, veja:

Teste exato de fisher

O teste qui-quadrado quando aplicado a amostras pequenas, como por exemplo com tamanho inferior a 20, veja:

fisher.test(dados2$PROFI, dados2$RENDA)

## 
##  Fisher's Exact Test for Count Data
## 
## data:  dados2$PROFI and dados2$RENDA
## p-value = 1
## alternative hypothesis: two.sided

Medidas de associação

os testes fornecem apenas a resposta se as variáveis estão ou não correlacionadas. Para saber a intensidade desta relação, utilizam-se medidas de associação.

Considere as seguintes medidas:

• \(\mathbf{\phi}\) (phi) (é o R de pearson quando aplicado a tabelas 2x2)
• V de Crámer
• Coeficiente de contingência

Ambos variam de 0 (ausência de associação) a 1 (associação muito forte).

#Comando para tabela cruzada:
tab <- xtabs(~ PROFI + RENDA, data = dados)

#Calcular as medidas de associação da tabela:
summary(assocstats(tab))

## 
## Call: xtabs(formula = ~PROFI + RENDA, data = dados)
## Number of cases in table: 120 
## Number of factors: 2 
## Test for independence of all factors:
##  Chisq = 9.886, df = 3, p-value = 0.01956
##  Chi-squared approximation may be incorrect
##                      X^2 df P(> X^2)
## Likelihood Ratio 11.3123  3 0.010152
## Pearson           9.8864  3 0.019557
## 
## Phi-Coefficient   : NA 
## Contingency Coeff.: 0.276 
## Cramer's V        : 0.287

#phi  (r aplicado na Tabela de 2x2 --> Phi)
cor(dados$PROFI,dados$RENDA)  

## [1] 0.231198

Kappa

Testa a concordância entre duas pessoas (a hipótese nula é de que a concordância é zero)

#Kappa
medico1<-sample(0:1,10, replace=T)
medico2<-sample(0:1,10, replace=T)

#Kappa.test(x, y=NULL, conf.level=0.95)

fmsb::Kappa.test(medico1,medico2)

## $Result
## 
##  Estimate Cohen's kappa statistics and test the null hypothesis that
##  the extent of agreement is same as random (kappa=0)
## 
## data:  medico1 and medico2
## Z = 0.2538, p-value = 0.3998
## 95 percent confidence interval:
##  -0.4998102  0.6479584
## sample estimates:
## [1] 0.07407407
## 
## 
## $Judgement
## [1] "Slight agreement"

\(R^2\) do ajuste de modelos lineares

Pode-se ajustar um modelo de regressão linear simples e avaliar seu coeficiente de determinação, veja:

#R2:
summary(lm(dados$GASAUDE~dados$ESTCIVIL))$r.squared

## [1] 0.0001015817

Bisserial = Pearson

O pearson aplicada em uma relação de variável dicotômica com uma variável ordinal

Comparações de Grupos

Quando por exemplo, trabalha-se com “renda por grupo”, existem muitas abordagens como o teste t ou anova como opções de testes paramétricos e muito mais

Controlando variável numérica

Pode ser que queremos estudar a correlação entre x e y, porém existem uma variável z que também está correlacionada com alguma das duas variáveis, veja:

## `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'

## [1] 0.7821115

## `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'

## [1] 0.7476177

## [1] 0.7821115

## `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'

## [1] 0.77825

Isto implica que a variável educação é uma variável de confusão, veja as correlações:

## Registered S3 method overwritten by 'GGally':
##   method from   
##   +.gg   ggplot2

O que acontece com a associação entre lazer e saúde quando controlamos a variável de confusão educação?

# correlação LAZER vc SAÚDE controlando o EDUCAÇÃO (correlação parcial de primeira ordem = um variável para controlar)
rp<-ggm::pcor(c("GASLAZER", "GASAUDE", "GASTEDU"),var(dados))  #controlando A EDUCAÇÃO

#Significância da Correlação Parcial

#Coeficiente de Determinação com base no Coef. de Pearson
r<-cor(dados$GASLAZER,dados$GASAUDE) #sem controlar o lazer

#Coeficiente de Determinação com base na correlação parcial
pcor.test(rp,1,length(dados$GASAUDE))  #"1" porque só usamos uma variável de controle

## $tval
## [1] 5.922106
## 
## $df
## [1] 117
## 
## $pvalue
## [1] 3.259388e-08

data.frame("Sem correção"=r^2, "Com correção"=rp^2)

##   Sem.correção Com.correção
## 1    0.6116985    0.2306242

Controlando variável Qualitativa

A variável de controle (ou qualquer uma delas) pode ser dicotômica (categórica)

#Visualmente:
ggplot(data = dados, aes(x = GASLAZER, y = GASAUDE,colour = as.factor(PROFI))) + geom_point()

#Sem controlar:
r=cor(dados$GASLAZER, dados$GASAUDE)
rp<-pcor(c("GASLAZER", "GASAUDE", "PROFI"),var(dados))
data.frame("Sem correção"=r^2, "Com correção"=rp^2)

##   Sem.correção Com.correção
## 1    0.6116985    0.6162497