Compute Engine

Compute Engine é um dos produtos oferecidos pelo Google. Também conhecido como infraestrutura como serviço (IaaS), pode ser usada para executar altas cargas de trabalho em larga escala em máquinas virtuais, no nosso caso este produto que possibilita o uso das máquinas virtuais.

Obter senha para super usuário

O primeiro passo será obter a senha para usuário root

sudo passwd

Após determinar a senha, alterne para este usuário e conceda a permissão de super usuário para evitar trabalhar como root:

su root
passwd gomes_fellipe1
gpasswd -a gomes_fellipe1 sudo
su gomes_fellipe1

Agora meu usuário tem permissão de super usuário e uma senha para utilizar para acessar o RStudio Server.

Exibir sua VM em um navegador

Se você utilizar o comando

curl ipinfo.io/ip

o endereço IP externo será exibido no console, porém se digitar este caminho no browser ainda não será possível acessar sua máquina. Para isso, instale o Nginx (que é um servidor web leve) com os comandos:

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install nginx

Agora se você digitar o endereço IP externo da sua máquina no browser será possível ver a tela de saudação do nginx!

Criar um arquivo swap

Seguindo a recomendação do post Implantando um servidor Shiny Server e RStudio seguro em uma máquina virtual gratuita do Google Cloud e as instruções do link https://digitizor.com/create-swap-file-ubuntu-linux/, podemos criar um arquivo swap pois a instância f1-micro não tem RAM suficiente e pode ser que alguns pacotes não possam ser instalados por falta de memória.

cd /
sudo dd if=/dev/zero of=swapfile bs=1M count=3000
sudo mkswap swapfile
sudo swapon swapfile
sudo nano etc/fstab

# Adicione a linha a seguir no arquivo que abrir
/swapfile none swap sw 0 0 
cat /proc/meminfo

Instalar o R

Para instalar o R apenas segui os passos apresentados em https://deanattali.com/2015/05/09/setup-rstudio-shiny-server-digital-ocean/ com os códigos:

sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/" >> /etc/apt/sources.list'

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install r-base

Agora o R está pronto para uso, basta escrever R no console para iniciá-lo.

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

sudo su - -c "R -e \"install.packages(c('devtools','rmarkdown', 'quantmod'), repos='http://cran.rstudio.com/')\""
sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github("jbkunst/highcharter")\""

Instalar o RStudio Server

Neste ponto já temos uma máquina virtual como R instalado e estamos preparados para dar início ao nosso RStudio Server! Para instalar entre na página de download do RStudio em: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/ e siga os passos de instalação. No meu caso bastou rodar:

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.1.456-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.1.456-amd64.deb

Pronto, agora já possuímos nosso próprio RStudio Server na nuvem! Para acessá-lo basta utilizar a porta 8787 através de seu IP externo (que pode ser obtido com o comando: curl ipinfo.io/ip, como mencionado anteriormente). Portanto, acesse algo como: http://35.237.234.123:8787 (este link direcionará para a máquina virtual que criei no exemplo deste post) e você será direcionado para uma tela de login:

É possível fazer o login no RStudio Server com qualquer usuário que esteja cadastrado em sua máquina virtual, no meu caso eu faço o login com o nome de usuário gomes_fellipe1 e a senha que defini para meu usuário ao criar a máquina.

É possível criar um novo usuário para acessar o RStudio Server via terminal da máquina virtual com:

adduser novo_usuario

Caso seu objetivo seja apenas o de ter seu próprio RStudio Server Parabéns! Já está disponível e pronto para uso! A seguir trataremos de como instalar e como efetuar algumas configurações básicas de um Shiny Server, mesmo que você não seja desenvolvedor desse tipo de app sugiro que instale o servidor mesmo assim pois ele também pode ser usado para hospedar seus documentos interativos como arquivos Rmarkdown!

Instalar o Shiny Server

Aplicativos Shiny são incríveis e sua aplicabilidade é tamanha que poderia dedicar uma série de posts exclusivamente para falar sobre essa ferramenta. Dedico uma enorme parte do meu tempo de trabalho atualmente no desenvolvimento de aplicativos Shiny e ao terminar todas as etapas de um “típico projeto de ciencia de dados” a etapa da entrega dos resultados pode ser bastante crítica e um aplicativo Shiny é capaz de trazer interatividade às suas análises.

Existem diversas opções de entrega, entre elas:

• Fazer um rápido deploy no http://www.shinyapps.io/;
• Hospedar no now, como apresentado na página do curso-r em: https://www.curso-r.com/blog/2018-03-05-shiny-now/;
• Dockerizar o app com a imagem https://hub.docker.com/u/rocker/ e disponibilizá-lo na rede interna de sua empresa;
• Criar um executável via R e Inno Setup (um instalador para programas do Windows), como ilustrado em: https://www.ficonsulting.com/filabs/RInno;
• Dentre tantas outras…

No caso deste post, estamos criando nosso próprio servidor e assim teremos controle tanto do desempenho da máquina hospedada quanto do uso do Shiny Server propriamente dito.

Consulte a página de download do Shiny Server em: https://www.rstudio.com/products/shiny/download-server/ para saber qual a versão mais recente para instalar no seu computador (note que será necessário instalar o pacote do shiny como mencionado anteriormente), no meu caso foi:

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb

O Shiny Server está agora instalado e em execução. Supondo que correu tudo bem você já poderá acessar a página inicial padrão do Shiny Server, que inclui algumas instruções e dois aplicativos Shiny, veja em (na minha máquina de exemplo): http://35.237.234.123:3838 (Note que eu não configurei um IP externo fixo neste app por se tratar de uma prova de conceito, como ele pode alterar para um IP aleatório quando eu reiniciar a máquina então fiz um backup no http://www.shinyapps.io/ no endereço: https://gomesfellipe.shinyapps.io/app_acoes/ para manter este DEMO no caso dessa máquina específica não estar mais no ar futuramente)

Alguns comandos úteis para configurar o status do servidor:

sudo systemctl start shiny-server
sudo systemctl stop shiny-server
sudo systemctl restart shiny-server

Importante:

• O arquivo de configuração do servidor está em: /etc/shiny-server/shiny-server.conf;
• A página inicial do Shiny Server estará em: /srv/shiny-server/index.html (normalmente removemos esta página ou incluir um outro html para customizá-la);
• Todos aplicativos Shiny com o nome app.R que você colocar em /srv/shiny-server/ serão entendidos pelo servidor como um aplicativo Shiny;
• Todos aplicativos serão executados como usuário shiny o que implica que qualquer pacote necessário em um aplicativo shiny deverá estar na biblioteca global ou na biblioteca do usuário shiny. Existem diversas formas de lidar com esse aspecto da configuração inicial do servidor então deixarei algumas referências ao final do post para quem tiver a necessidade de maior customização e controle do servidor;
• Para visualizar os logs durante o desenvolvimento do aplicativo será necessário adicionar as linhas preserve_logs true;e sanitize_errors false; ao arquivo de configuração do servidor (e reiniciar o servidor em seguida) e assim os logs do servidor estarão disponíveis em /var/log/shiny-server.log.

Adicionar aplicativos ao Shiny Server via Github

Como já foi dito, qualquer aplicativo Shiny colocado na pasta /srv/shiny-server/ será automaticamente exibido como um Shiny app na página principal do servidor. Além da opção de desenvolver um um aplicativo diretamente pelo RStudio Server e salvar nesta pasta podemos clonar algum app hospedado no GitHub ou no BitBucket para esta pasta.

Primeiramente vamos instalar o git e realizar as configurações iniciais:

sudo apt-get -y install git
git config --global user.email "you@example.com"
git config --global user.name "Your Name"

Agora vamos nos deslocar para a pasta srv/shiny-server/ e remover a página index.html pois não estamos mais interessados em ver a página de exemplo do Shiny Server:

cd /srv/shiny-server
sudo rm index.html

Em seguida já é possível clonar seu repositório do GitHub ou do BitBucket diretamente para esta pasta (Lembrete: o arquivo que executa o app deve ser nomeado como app.R!), veja:

sudo git clone https://github.com/gomesfellipe/app_acoes.git

O legal de administrar suas aplicações via GitHub ou do BitBucket é que o código hospedado pode ser trabalhado e “commitado” de qualquer outro lugar do mundo e para atualizar no servidor basta utilizar o comando sudo git pull na pasta do app que o diretório local será atualizado com as modificações realizadas no repositório remoto.

Pronto, se utilizar o comando ls já será possível ver a pasta clonada no diretório local:

Ao acessar o app teremos:

O código para gerar este app é:

Nota¹: O código do app e as dependências podem ser obtidas em: https://github.com/gomesfellipe/app_acoes e para executá-lo diretamente do seu terminal basta utilizar o comando:

shiny::runGitHub("gomesfellipe/app_acoes")

Nota²: Caso queira incluir seu aplicativo Shiny em alguma página Web ou relatório é simples, utilizando um pouco de html é só o incluí no seu arquivo RMarkdown utilizando algo parecido com:

<iframe width="450" height="400" scrolling="no" frameborder="no" src="sua_url"> </iframe>